Von Anfang an wurde diese Sammlung ausschliesslich als Vergleichssammlung für die Forschung an fossilen Säugtieren angelegt. Deshalb weist sie auch gewisse Lücken auf (etwa bei den südamerikanischen Säugern). In dieser Sammlung reich vertreten sind die Säugetiere aus Europa und Asien. Ein bedeutender Schwerpunkt bilden die Primaten, von welchen mehr als 600 Schädel und Skelette vorliegen. Da an der früheren Osteologischen Abteilung nie Forschung an rezenten Säugetieren geleistet wurde, enthält diese Sammlung keine Primärtypen. In der Sammlung rezenter Säugetiere finden sich einige sehr wertvolle Objekte wie der Schädel einer Steller'schen Seekuh oder der eines tasmanischen Beutelwolfes, beides Säugetierarten, die in historischer Zeit ausgestorben sind.
Ein wichtiger und vielbesuchter Teil der Sammlung rezenter Säugetiere bildet das sogenannte Knochenalphabet. Dieser Sammlungsteil ist nach Knochentypen geordnet: 10 Schubladen enthalten zum Beispiel nur Oberschenkelknochen von den wichtigsten Säugetierordnungen. Diese Sammlung ist ein wichtiges Hilfsmittel zur Bestimmung einzelner Knochen und wird speziell von Prähistorikern und Archäozoologen häufig konsultiert.